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Intorno alla metà del XIX secolo Sag Harbor possedeva oltre 60 velieri per la caccia alla balena, e il museo intende documentare tale tradizione, con molti modelli di baleniere famose, polene, attrezzi e macchinari, una vasta collezione di stampe e fotografie, una lancia baleniera attrezzata di tutto punto e persino lo scheletro di una balena.